根据省委省政府的统一部署和省政府《关于县级公立医院综合改革的意见》要求，我区县级公立医院（市三院）综合改革工作经过精心筹备，于2012年12月15日正式实施。成立了由区长任主任的徽州区县级医院管理委员会（简称“医管会”），在区卫生局设立了徽州区县级医院管理办公室（简称“医管办”），由医管会聘任了市三院院长，双方签订了绩效管理合同。自12月15日起，市三院实行药品“零差率”销售，执行新的诊察费政策和医疗服务价格政策。

此次医院综合改革总体要求是按照管办分开、政事分开、医药分开、营利性与非营利性分开的要求，坚持保基本、强基层、建机制的原则，以破除“以药补医”机制为关键环节，以改革补偿机制和落实医院自主经营管理权为切入点，统筹推进管理体制、补偿机制、人事分配、价格机制、医保支付制度、采购机制、监管机制等综合改革，建立维护公益性、调动积极性、保障可持续性的县级医院运行机制，努力实现患者负担能下降、医院收入不减少、医保基金可承受。