《手册》分二部分，第一部分内容包括干部任免、财务报销、物资采购等本单位内部权力运行目录和行政许可、行政确认权力外部运行目录，权力运行内部流程图，廉政风险点目录，防控措施等，第二部分包括机构编制违纪行为适用《中国共产党纪律处分条例》若干问题的解释，机构设置管理违纪问题典型案例等内容。通过活生生的案例与本单位的职权目录、权力运行流程图、廉政风险点、防控措施进行剖析比对，解读和凸显机构编制工作按规定设置、办理的重要性。

《手册》做到人手一份，同时将《手册》纳入“六五”普法和领导干部法治思维和法治方式系列学习宣讲活动、干部职工教育培训、“一岗双责”谈话内容，以达到学习教育、警示提醒、预防为先的目的。